Un nouvel outil de visualisation de l’impact de la génomique 06-DÉC-2021 La première évaluation génétique qu’obtient chaque veau né au Canada est sa Moyenne de parents (MP). Cette valeur estime les futures capacités génétiques que possède un veau avant que ses données de performance ou des données sur la progéniture d’un taureau soient disponibles. Avec la génomique, nous pouvons maintenant examiner de plus près le mérite génétique d’un jeune animal. Lorsqu’une génisse est génotypée, nous pouvons jeter un coup d’œil à son ADN et voir les caractéristiques réelles qu’elle a héritées de ses parents. Cela nous permet d’obtenir des données génétiques directes sur le veau et de faire davantage confiance à son évaluation génétique. Le nouvel outil de visualisation de l’impact de la génomique de Lactanet vous donne une représentation visuelle de l’impact du testage génomique, caractère par caractère, pour chaque femelle génotypée. Mais avant de passer en revue les principales caractéristiques de cet outil et la façon de l’utiliser, examinons les valeurs de MP et la raison pour laquelle elles sont modifiées par le testage génomique. Quelle est la différence entre la MP et la MPG? La MP est simplement la moyenne du potentiel génétique entre le père et la mère de l’animal. Elle considère que le veau reçoit 50 % de son potentiel génétique de chaque
À la Figure 1, nous voyons que deux accouplements de deux paires de parents différents ont donné des veaux avec exactement la même MP. Toutefois, une fois que les génisses sont génotypées, nous pouvons voir le réel potentiel des gènes qui leur ont été transmis. Dans ce scénario, la génisse 1 a reçu une combinaison plus favorable de gènes de ses parents et les Moyennes de parents génomiques (MPG) des deux génisses ne sont plus égales. Cette différence serait probablement observée à mesure que les animaux prennent de l’âge et que leurs propres données de performance sont incluses dans les évaluations génétiques. Toutefois, avec le génotypage, nous n’avons plus à attendre jusqu’à ce que les génisses soient beaucoup plus âgées pour voir laquelle possède une valeur génétique plus élevée. Visualiser la différence entre les évaluations génétiques après le génotypage Pour rendre plus claire la façon dont les évaluations changent après le génotypage, Lactanet a développé l’outil de visualisation de l’impact de la génomique qui apparaîtra comme un onglet distinct dans la page du Sommaire d’évaluation génétique des femelles de propriété canadienne une fois que leurs résultats génomiques sont rendus publics. Ce nouvel outil a été conçu pour offrir aux producteurs une représentation visuelle de la façon dont l’évaluation génétique de l’animal a changé avec la génomique et présente aussi les améliorations qui en découlent en matière de fiabilité – vous pouvez ainsi être confiants par rapport à vos décisions de sélection génétique. Où puis-je trouver cet outil? Une fois qu’une génisse est génotypée et que les résultats sont traités, un nouvel onglet appelé « Impact de la génomique » apparaît dans la page du Sommaire d’évaluation génétique. La page « Impact de la génomique » des femelles génotypées comprend :
Répartition des caractéristiques clés Un exemple de l’outil de visualisation est présenté à la Figure 2 avec trois secteurs clés identifiés. Sommaire pour l’utilisateur : cette section offre aux utilisateurs une description rapide de l’outil d’impact génomique et de ce qu’il signifie par rapport à leurs décisions de sélection génétique. L’aide visuelle aide à savoir à quel point l’évaluation génétique de leur animal a changé après que l’information génomique ait été incluse. Même si la valeur de l’évaluation génétique peut augmenter ou diminuer, la fiabilité de l’évaluation reflète la précision accrue, ce qui signifie que vous pouvez faire davantage confiance à vos décisions d’élevage. Barre de changement : les barres bleues à gauche (diminution) ou à droite Fiabilité : Avec la génomique, nous observons une hausse importante de la fiabilité, particulièrement chez les Holstein qui ont la plus grande population de référence, mais aussi dans les races Jersey, Ayrshire et Suisse brune. La taille de la population de référence augmente selon le nombre de taureaux éprouvés génotypés disponibles et le nombre de vaches génotypées avec des données de performance. L’augmentation de la fiabilité due à la génomique dépend aussi de la quantité de données déjà incluses dans l’évaluation génétique de la génisse ou de la vache. Chez les génisses pour lesquelles seulement une valeur de Moyenne de parents est disponible, une hausse plus importante de la fiabilité résulte du génotypage. Toutefois, chez les vaches dont les propres données de lactation, de classification ou de performance sont disponibles, l’augmentation observée de la fiabilité due à la génomique ne sera pas aussi forte. Le gain moyen de fiabilité attribuable à la génomique dans chaque race peut être consulté ici : https://lactanet.ca/gains-moyens-de-fiabilite-pour-lipv-avec-la-genomique/. Sommaire Le nouvel outil d’impact génomique offre une représentation visuelle facile à utiliser du changement dans l’évaluation génétique qui découle de l’inclusion de la génomique et indique aussi le gain qui y est associé en matière de fiabilité. À mesure que votre génisse prendra de l’âge et qu’à la fois la MP et la MPG changeront au fil du temps avec l’ajout de données supplémentaires, il en sera de même pour l’outil de visualisation de l’impact de la génomique – vous obtiendrez toujours l’information la plus récente. Alors que cet outil est utile pour démontrer la façon dont les évaluations changent avec la génomique, il ne devrait pas être utilisé pour la prise de décisions de sélection ou d’accouplement. L’évaluation génomique officielle de chaque caractère est le meilleur outil pour de telles décisions, peu importe si l’impact de l’inclusion de la génomique a été positif ou négatif. Auteurs : Caeli Richardson, experte en transfert du savoir spécialisé en génétique
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